Gokayama Onsen liegt in der bergigen Gokayama-Region von Nanto in der Präfektur Toyama, einer Gegend, die eher für ihre tiefen Täler, starken Schneefälle und traditionellen Gassho-zukuri-Bauernhäuser bekannt ist als für große Badeanlagen im Resortstil. Das Thermalquellen-Erlebnis hier passt zur Landschaft: ruhig, abgelegen und eng mit dem Rhythmus des Dorflebens in einer der charakteristischsten ländlichen Regionen Zentraljapans verbunden.
Viele Reisende kommen wegen der zum UNESCO-Welterbe gehörenden Dörfer Ainokura und Suganuma nach Gokayama, und der Onsen bietet eine natürliche Pause nach einem Tag auf schmalen Gassen und mit Blicken über steile, bewaldete Hänge. Statt eines Reiseziels, das sich um Nachtleben oder Menschenmengen dreht, eignet sich Gokayama Onsen für Besucher, die etwas länger in der Region verweilen und ihre ruhige, gewachsene Atmosphäre schätzen möchten.