Matatagpuan ang Gokayama Onsen sa mabundok na lugar ng Gokayama sa Nanto, Toyama Prefecture, isang rehiyong mas kilala sa malalalim nitong lambak, makapal na pag-ulan ng niyebe, at mga tradisyonal na gassho-zukuri na farmhouse kaysa sa malalaking resort-style na paliguan. Ang karanasan sa hot spring dito ay akma sa tanawin: tahimik, liblib, at malapit na kaugnay sa takbo ng buhay-nayon sa isa sa mga pinaka-natatanging rural na lugar sa gitnang Japan.
Maraming manlalakbay ang pumupunta sa Gokayama para sa mga nayon ng Ainokura at Suganuma na nakalista sa UNESCO, at ang onsen ay nag-aalok ng natural na pahinga matapos ang isang araw ng paglalakad sa makikitid na daan at pagtatanaw sa matatarik na dalisdis na nababalutan ng kagubatan. Sa halip na isang destinasyong nakatuon sa nightlife o matataong lugar, ang Gokayama Onsen ay bagay sa mga bisitang nais magtagal pa nang kaunti sa rehiyon at pahalagahan ang tahimik at tunay na kapaligiran nito.