ยามานากาโกะออนเซ็นตั้งอยู่ใกล้ทะเลสาบยามานากะ ซึ่งเป็นทะเลสาบที่ใหญ่ที่สุดในบรรดาทะเลสาบทั้งห้ารอบภูเขาไฟฟูจิ ที่นี่มอบโอกาสพิเศษให้นักท่องเที่ยวได้เพลิดเพลินกับการแช่น้ำพุร้อนพร้อมชมทัศนียภาพกว้างไกลของภูเขาไฟฟูจิ
น้ำพุร้อนที่นี่ขึ้นชื่อเรื่องคุณสมบัติความเป็นด่าง ซึ่งอ่อนโยนต่อผิวเป็นอย่างมาก และเชื่อกันว่าช่วยฟื้นบำรุงผิวพรรณ ที่พักรอบยามานากาโกะออนเซ็นมีตั้งแต่รีสอร์ตหรูไปจนถึงอินน์ที่บริหารโดยครอบครัว หลายแห่งมีห้องอาบน้ำที่สามารถมองเห็นทะเลสาบและภูเขาไฟฟูจิได้
นอกเหนือจากการแช่น้ำพุร้อนแล้ว ยามานากาโกะยังเป็นจุดหมายที่ยอดเยี่ยมสำหรับกิจกรรมกลางแจ้ง เช่น ล่องเรือในทะเลสาบ เดินป่าในพื้นที่โดยรอบ และแวะเที่ยวบ่อน้ำผุดโอชิโนะฮักไกที่อยู่ใกล้เคียง